При импорте из СБИС++ подгружались организации из СБИС++,а не из справочника АС УРМ.
Ошибка связана с тем, что в АС Бюджет в интерфейсе Константы УРМ установлен алгоритм работы с организациями «Запрет ввода локальных организаций», но при этом возможность импорта организаций при импорте платежек не отключена. Чтобы новые организации не импортировались вместе с документом, необходимо в Редакторе реестра УРМ в ветке УРМ/Ресурсы/Макросы/Импорт/Настройки для нужных форматов снять галку в колонке Импорт организации-получателя:
После этого нужно выгрузить данный параметр и сформировать с ним пользовательское обновление.